Historia: En la época prehispánica este pueblo fue el feliz hábitat de los comechingones, como lo testimonian las cuevas de piedra horadadas por los vientos y la arenisca, en las cercanías del río Quilpo. Luego, entre 1500 y 1600 la zona del actual San Marcos Sierra fue "encomienda" que los reyes de España otorgaron en regalía de campañas de conquistas y colonización del Tucumán y el Alto Perú. Por ese entonces, fue el primer propietario de la Estancia de San Marcos Sierra Jerónimo de Bustamante. Muerto Bustamante en 1671 las posesiones pasan a Alfonso Luján Medina, impulsando una etapa de prosperidad para la estancia plantando frutales e instalando el riego a través de un molino. Luego, tras varias ventas pasa a ser propiedad del Deán de Santa Cruz de la Sierra Toledo Pimentel, quien no deja sucesores. Alrededor de esa época debe señalarse la construcción de la capilla del pueblo, la cual data de 1732 y que lleva la inscripción de 1734 en su frente.

Un hecho inédito: Ante el estado de abandono de la estancia, una comunidad aborigen sanavirona eleva su pedido de apoderarse de estas tierras. El reclamo es escuchado por el gobernante cordobés de la época, el Marqués de Sobremonte, quien efectuó las mensuras y repartos de tierras correspondientes, para que así los grupos sanavirones y comechingones convivieran en el lugar. Según relatan los estudiosos, un 17 de marzo de 1806 el cacique Francisco Tulián, tomó posesión de las parcelas, registrándose de tal modo un acto inédito: la devolución de tierras por parte del conquistador español a los originales dueños, los pueblos aborígenes comechingones y sanavirones.